現在の富士山の周辺に位置する丹沢や御坂の山々が、海から隆起を始めました。
この山地一帯では、海底だった時の堆積層から、貝やサンゴなどの化石がたくさん見つかっています。

小御岳、愛鷹山、箱根山が次々に活動を始めました。

箱根火山の爆発的な活動が下火になるとともに、小御岳の近くから古富士火山の激しい活動が始まりました。古富士火山は爆発型の激しい噴火をくり返し、その火山灰は南関東一円にまで降り積もって、関東ローム層を形成しています。

小御岳火山は現在、山頂部分がスバルライン終点にわずかに露出しているだけです。

噴火のパターンが爆発的な噴火から大量に溶岩を流す活動に変わりました。流動性が大きい溶岩は20キロから40キロメートルもの距離を幾重にも重なって流れました。溶岩流の一つに現在の三島市まで到達した三島溶岩流があります。この活動で現在の富士山の原形ができあがったといわれます。富士山研究の基礎を築いた津屋弘逹博士は、この噴火以降を新富士火山としています。その後、約4000年の間、活動が静かな期間がつづきました。この静穏期を境に富士山の火山活動は古期と新期に分けられています。

再び活発な火山活動が始まり、爆発型の噴火と溶岩を流出する噴火をくり返し、古富士火山を覆いつくしてゆきました。弥生時代の初期、今から約2300年前には、地震や噴火によると思われる山体の大崩壊が起こっています。御殿場市から小山町にかけては、その時の泥流が厚く堆積し、東は足柄平野に、南は駿河湾へと流れて扇状地を作っています。

火口周辺ではかつて、ゆで玉子ができる程の噴気や、地熱が高い場所も見られました。1957年の富士山測候所の調査によると、山頂火口周辺の他にも、宝永火口内および須走口登山道3合目と7合目で噴気や地熱活動が確認されています。現在はそのような現象は見られなくなりましたが、山体直下では今も火山性の低周波地震が起きており、依然として活動が続いていることを示しています。

2003年9月、北富士の林道で地面の陥没と噴気が見つかり大きなニュースになりましたが、のちに、林道工事の際、伐採した木を埋めてしまうという手抜き工事によるものと分かりました。